（試験研究を行つた場合の所得税額の特別控除）
第五条の三 法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
２ 法第十条第一項 ただし書に規定する所得税の額として政令で定める金額は、同項 から同条第六項 まで並びに法第十条の二の二第三項 及び第四項 、第十条の三第五項から第七項まで、第十条の五第一項、第十条の五の二第三項、第十条の五の三第三項及び第四項、第十条の五の四第一項、第十条の五の五第五項及び第六項、第四十一条第一項、第四十一条の十八第二項、第四十一条の十八の二第二項、第四十一条の十八の三第一項、第四十一条の十九の二第一項、第四十一条の十九の三第一項及び第三項並びに第四十一条の十九の四第一項及び第三項の規定並びに所得税法第九十五条 の規定を適用しないで計算したその年分の総所得金額に係る所得税の額に利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額、譲渡所得の金額（同法第三十三条第三項第二号 に掲げる所得に係る部分については、その金額の二分の一に相当する金額）、一時所得の金額の二分の一に相当する金額及び雑所得の金額の合計額のうちに事業所得の金額の占める割合を乗じて計算した金額とする。
３ 法第十条第二項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額及び法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及び同項 の規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第二項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
４ 法第十条第三項 の規定の適用を受けようとする年の前年の中途において事業を開始した場合における同項 に規定する前年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された同条第一項 に規定する試験研究費の額は、当該試験研究費の額に十二を乗じてこれを当該前年において事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額とする。
５ 法第十条第三項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額並びに法第十条第一項 及び第二項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及びこれらの規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第三項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
第五条の三 法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
２ 法第十条第一項 ただし書に規定する所得税の額として政令で定める金額は、同項 から同条第六項 まで並びに法第十条の二の二第三項 及び第四項 、第十条の三第五項から第七項まで、第十条の五第一項、第十条の五の二第三項、第十条の五の三第三項及び第四項、第十条の五の四第一項、第十条の五の五第五項及び第六項、第四十一条第一項、第四十一条の十八第二項、第四十一条の十八の二第二項、第四十一条の十八の三第一項、第四十一条の十九の二第一項、第四十一条の十九の三第一項及び第三項並びに第四十一条の十九の四第一項及び第三項の規定並びに所得税法第九十五条 の規定を適用しないで計算したその年分の総所得金額に係る所得税の額に利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額、譲渡所得の金額（同法第三十三条第三項第二号 に掲げる所得に係る部分については、その金額の二分の一に相当する金額）、一時所得の金額の二分の一に相当する金額及び雑所得の金額の合計額のうちに事業所得の金額の占める割合を乗じて計算した金額とする。
３ 法第十条第二項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額及び法第十条第一項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及び同項 の規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第二項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
４ 法第十条第三項 の規定の適用を受けようとする年の前年の中途において事業を開始した場合における同項 に規定する前年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された同条第一項 に規定する試験研究費の額は、当該試験研究費の額に十二を乗じてこれを当該前年において事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額とする。
５ 法第十条第三項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額並びに法第十条第一項 及び第二項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及びこれらの規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第三項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
６ 法第十条第四項 に規定する政令で定める中小企業者は、常時使用する従業員の数が千人以下の個人とする。
７ 法第十条第四項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条第四項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
８ 第四項の規定は、法第十条第五項 に規定する前年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された試験研究費の額について準用する。
９ 法第十条第五項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額及び法第十条第四項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及び同項 の規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第五項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
１０ 法第十条第六項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条第六項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
１１ 法第十条第八項第一号 に規定する試験研究のために要する費用で政令で定めるものは、次に掲げる費用とする。
一 その試験研究を行うために要する原材料費、人件費（専門的知識をもつて当該試験研究の業務に専ら従事する者に係るものに限る。）及び経費
二 他の者に委託して試験研究を行う個人の当該試験研究のために当該委託を受けた者に対して支払う費用
三 技術研究組合法 （昭和三十六年法律第八十一号）第九条第一項 の規定により賦課される費用
１２ 法第十条第八項第三号 に規定する政令で定める試験研究は、次に掲げる試験研究とする。
一 次に掲げる者（以下この号、第三号及び第五号において「特別試験研究機関等」という。）と共同して行う試験研究で、当該特別試験研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の分担及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
イ 研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律 （平成二十年法律第六十三号）第二条第七項 に規定する試験研究機関等
ロ 産業技術力強化法 （平成十二年法律第四十四号）第十七条第一項第三号 に規定する試験研究独立行政法人（イに掲げる者に該当するものを除く。）
二 大学等（学校教育法 （昭和二十二年法律第二十六号）第一条 に規定する大学若しくは高等専門学校（これらのうち構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項 に規定する学校設置会社が設置するものを除く。）又は国立大学法人法 （平成十五年法律第百十二号）第二条第四項 に規定する大学共同利用機関をいう。以下この号、次号及び第六号において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該大学等の役割分担及びその内容、当該個人及び当該大学等が当該試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細、当該大学等が当該費用のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法、当該試験研究の成果が当該個人及び当該大学等に帰属する旨及びその内容並びに当該大学等による当該成果の公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
三 他の者（特別試験研究機関等、大学等、当該個人がその発行済株式又は出資（その有する自己の株式又は出資を除く。第七号において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の二十五以上を有している法人（法人税法第二条第十二号の六の七 に規定する連結親法人にあつては、当該連結親法人による同条第十二号の七の七 に規定する連結完全支配関係にある同条第十二号の七 に規定する連結子法人を含む。）及び当該個人との間に当事者間の支配の関係（同条第十二号の七の五 に規定する当事者間の支配の関係をいう。第七号において同じ。）がある法人を除く。以下この号において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該他の者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該他の者の役割分担及びその内容、当該個人及び当該他の者が当該試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細、当該他の者が当該費用のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人及び当該他の者に帰属する旨及びその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
四 技術研究組合の組合員が協同して行う技術研究組合法第三条第一項第一号 に規定する試験研究で、当該技術研究組合の定款若しくは規約又は同法第十三条第一項 に規定する事業計画（当該定款若しくは規約又は事業計画において、当該試験研究における当該個人及び当該個人以外の当該技術研究組合の組合員の役割分担及びその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
五 特別試験研究機関等に委託する試験研究で、当該特別試験研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の額及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
六 大学等に委託する試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細、当該大学等が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
七 特定中小企業者（法第十条第四項 に規定する中小企業者で青色申告書を提出するもの、法第四十二条の四第六項第四号 に規定する中小企業者で法人税法第二条第三十七号 に規定する青色申告書を提出するもの及び法第六十八条の九第六項第四号 に規定する中小連結法人に該当するもののうち、試験研究を行うための拠点を有することその他の財務省令で定める要件を満たすものをいい、当該個人がその発行済株式等の総数又は総額の百分の二十五以上を有している法人（法人税法第二条第十二号の六の七 に規定する連結親法人にあつては、当該連結親法人による同条第十二号の七の七 に規定する連結完全支配関係にある同条第十二号の七 に規定する連結子法人を含む。）及び当該個人との間に当事者間の支配の関係がある法人を除く。以下この号において同じ。）に委託する試験研究で、当該特定中小企業者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細、当該特定中小企業者が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果の帰属に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
八 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律 （昭和三十五年法律第百四十五号）第二条第十六項 に規定する希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品に関する試験研究で、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所法 （平成十六年法律第百三十五号）第十五条第一項第二号 の規定による助成金の交付を受けてその対象となつた期間に行われるもの
１３ 法第十条第八項第三号 に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる試験研究の区分に応じ当該各号に定める試験研究費の額とする。
一 前項第一号、第五号及び第八号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る法第十条第八項第一号 に規定する試験研究費（次号において「試験研究費」という。）の額であることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
二 前項第二号、第三号、第六号及び第七号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る試験研究費の額として当該個人が負担するものであることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
三 前項第四号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る第十一項第三号に掲げる費用の額
１４ 法第十条第六項 （第一号に係る部分に限る。次項において同じ。）の規定の適用を受ける個人が同号に規定する事業所得を生ずべき事業を基準年（同条第八項第六号 に規定する適用年（以下この項において「適用年」という。）の三年前の年をいう。以下この項において同じ。）以後に相続又は包括遺贈により承継した者である場合における同条第八項第六号 に規定する比較試験研究費の額の計算については、基準年から適用年の前年までの各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同条第一項 に規定する試験研究費の額（以下この項において「試験研究費の額」という。）は、次に定めるところによる。
一 当該個人が基準年から適用年の前年までの各年のうちのいずれかの年において当該事業を承継した者である場合には、被相続人（包括遺贈者を含む。次号において同じ。）の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額は、当該個人の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額とする。
二 当該個人が適用年において当該事業を承継した者である場合には、被相続人の基準年から適用年の前年までの各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額に、当該事業を承継した日から適用年の十二月三十一日までの期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した金額は、当該個人の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額とする。
１５ 前項の規定は、法第十条第六項 の規定の適用を受ける個人が前項各号に規定する者に該当する場合における同条第八項第七号 に規定する基準試験研究費の額の計算について準用する。この場合において、前項中「三年」とあるのは、「二年」と読み替えるものとする。
１６ 法第十条第八項第八号 に規定する政令で定める金額は、棚卸資産の販売その他事業として継続して行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供に係る収入金額とする。この場合において、当該収入金額につき所得税法第六十五条第一項 又は第二項 の規定の適用を受けているときは、当該収入金額は、同条 の規定によりその年分の事業所得の金額の計算上総収入金額に算入される金額によるものとする。
１７ 法第十条第八項第八号 に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項 又は第六項 （第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けようとする年（以下この項及び次項において「総額方式等適用年」という。）の年分の売上金額（同条第八項第八号 に規定する売上金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）及び当該総額方式等適用年前三年以内の各年（事業を開始した日の属する年以後の年に限る。以下この項において同じ。）の年分の売上金額（当該各年のうち事業を開始した日の属する年については、当該年分の売上金額に十二を乗じてこれを当該年において事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額）の合計額を当該総額方式等適用年及び当該各年の年数で除して計算した金額とする。
１８ 法第十条第一項 又は第六項 （第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受ける個人が同条第一項 又は同号に規定する事業所得を生ずべき事業を基準年（総額方式等適用年の三年前の年をいう。以下この項において同じ。）以後に相続又は包括遺贈により承継した者である場合における前項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該個人が基準年から総額方式等適用年の前年までの各年のうちのいずれかの年において当該事業を承継した者である場合には、当該各年の年分の被相続人（包括遺贈者を含む。以下この項において同じ。）の売上金額は当該各年の年分の当該個人の売上金額に該当するものと、当該各年において当該被相続人が事業を営んでいた期間は当該各年において当該個人が事業を営んでいた期間に該当するものと、それぞれみなす。
二 当該個人が総額方式等適用年において当該事業を承継した者である場合には、基準年から総額方式等適用年の前年までの各年の年分の被相続人の売上金額（当該各年のうち当該被相続人が事業を開始した日の属する年については、当該年分の被相続人の売上金額に十二を乗じてこれを当該年において被相続人が事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額）に当該事業を承継した日から総額方式等適用年の十二月三十一日までの期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した金額は当該各年の年分の当該個人の売上金額に該当するものと、当該各年において当該被相続人が事業を営んでいた期間は当該各年において当該個人が事業を営んでいた期間に該当するものと、それぞれみなす。
１９ 第四項、第十四項第二号、第十七項及び前項第二号の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを切り捨てる。
８ 第四項の規定は、法第十条第五項 に規定する前年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された試験研究費の額について準用する。
９ 法第十条第五項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額及び法第十条第四項 の規定による控除をすべき金額があるときは、まず当該配当控除の額及び同項 の規定による控除をすべき金額を控除し、次に同条第五項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
１０ 法第十条第六項 の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項 に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項 に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条第六項 の規定による控除をすべき金額を控除する。
１１ 法第十条第八項第一号 に規定する試験研究のために要する費用で政令で定めるものは、次に掲げる費用とする。
一 その試験研究を行うために要する原材料費、人件費（専門的知識をもつて当該試験研究の業務に専ら従事する者に係るものに限る。）及び経費
二 他の者に委託して試験研究を行う個人の当該試験研究のために当該委託を受けた者に対して支払う費用
三 技術研究組合法 （昭和三十六年法律第八十一号）第九条第一項 の規定により賦課される費用
１２ 法第十条第八項第三号 に規定する政令で定める試験研究は、次に掲げる試験研究とする。
一 次に掲げる者（以下この号、第三号及び第五号において「特別試験研究機関等」という。）と共同して行う試験研究で、当該特別試験研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の分担及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
イ 研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律 （平成二十年法律第六十三号）第二条第七項 に規定する試験研究機関等
ロ 産業技術力強化法 （平成十二年法律第四十四号）第十七条第一項第三号 に規定する試験研究独立行政法人（イに掲げる者に該当するものを除く。）
二 大学等（学校教育法 （昭和二十二年法律第二十六号）第一条 に規定する大学若しくは高等専門学校（これらのうち構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項 に規定する学校設置会社が設置するものを除く。）又は国立大学法人法 （平成十五年法律第百十二号）第二条第四項 に規定する大学共同利用機関をいう。以下この号、次号及び第六号において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該大学等の役割分担及びその内容、当該個人及び当該大学等が当該試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細、当該大学等が当該費用のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法、当該試験研究の成果が当該個人及び当該大学等に帰属する旨及びその内容並びに当該大学等による当該成果の公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
三 他の者（特別試験研究機関等、大学等、当該個人がその発行済株式又は出資（その有する自己の株式又は出資を除く。第七号において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の二十五以上を有している法人（法人税法第二条第十二号の六の七 に規定する連結親法人にあつては、当該連結親法人による同条第十二号の七の七 に規定する連結完全支配関係にある同条第十二号の七 に規定する連結子法人を含む。）及び当該個人との間に当事者間の支配の関係（同条第十二号の七の五 に規定する当事者間の支配の関係をいう。第七号において同じ。）がある法人を除く。以下この号において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該他の者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該他の者の役割分担及びその内容、当該個人及び当該他の者が当該試験研究に要する費用を分担する旨及びその明細、当該他の者が当該費用のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人及び当該他の者に帰属する旨及びその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
四 技術研究組合の組合員が協同して行う技術研究組合法第三条第一項第一号 に規定する試験研究で、当該技術研究組合の定款若しくは規約又は同法第十三条第一項 に規定する事業計画（当該定款若しくは規約又は事業計画において、当該試験研究における当該個人及び当該個人以外の当該技術研究組合の組合員の役割分担及びその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
五 特別試験研究機関等に委託する試験研究で、当該特別試験研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の額及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
六 大学等に委託する試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細、当該大学等が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
七 特定中小企業者（法第十条第四項 に規定する中小企業者で青色申告書を提出するもの、法第四十二条の四第六項第四号 に規定する中小企業者で法人税法第二条第三十七号 に規定する青色申告書を提出するもの及び法第六十八条の九第六項第四号 に規定する中小連結法人に該当するもののうち、試験研究を行うための拠点を有することその他の財務省令で定める要件を満たすものをいい、当該個人がその発行済株式等の総数又は総額の百分の二十五以上を有している法人（法人税法第二条第十二号の六の七 に規定する連結親法人にあつては、当該連結親法人による同条第十二号の七の七 に規定する連結完全支配関係にある同条第十二号の七 に規定する連結子法人を含む。）及び当該個人との間に当事者間の支配の関係がある法人を除く。以下この号において同じ。）に委託する試験研究で、当該特定中小企業者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用の額を負担する旨及びその明細、当該特定中小企業者が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果の帰属に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
八 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律 （昭和三十五年法律第百四十五号）第二条第十六項 に規定する希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器又は希少疾病用再生医療等製品に関する試験研究で、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所法 （平成十六年法律第百三十五号）第十五条第一項第二号 の規定による助成金の交付を受けてその対象となつた期間に行われるもの
１３ 法第十条第八項第三号 に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる試験研究の区分に応じ当該各号に定める試験研究費の額とする。
一 前項第一号、第五号及び第八号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る法第十条第八項第一号 に規定する試験研究費（次号において「試験研究費」という。）の額であることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
二 前項第二号、第三号、第六号及び第七号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る試験研究費の額として当該個人が負担するものであることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
三 前項第四号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る第十一項第三号に掲げる費用の額
１４ 法第十条第六項 （第一号に係る部分に限る。次項において同じ。）の規定の適用を受ける個人が同号に規定する事業所得を生ずべき事業を基準年（同条第八項第六号 に規定する適用年（以下この項において「適用年」という。）の三年前の年をいう。以下この項において同じ。）以後に相続又は包括遺贈により承継した者である場合における同条第八項第六号 に規定する比較試験研究費の額の計算については、基準年から適用年の前年までの各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される同条第一項 に規定する試験研究費の額（以下この項において「試験研究費の額」という。）は、次に定めるところによる。
一 当該個人が基準年から適用年の前年までの各年のうちのいずれかの年において当該事業を承継した者である場合には、被相続人（包括遺贈者を含む。次号において同じ。）の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額は、当該個人の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額とする。
二 当該個人が適用年において当該事業を承継した者である場合には、被相続人の基準年から適用年の前年までの各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額に、当該事業を承継した日から適用年の十二月三十一日までの期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した金額は、当該個人の当該各年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入される試験研究費の額とする。
１５ 前項の規定は、法第十条第六項 の規定の適用を受ける個人が前項各号に規定する者に該当する場合における同条第八項第七号 に規定する基準試験研究費の額の計算について準用する。この場合において、前項中「三年」とあるのは、「二年」と読み替えるものとする。
１６ 法第十条第八項第八号 に規定する政令で定める金額は、棚卸資産の販売その他事業として継続して行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供に係る収入金額とする。この場合において、当該収入金額につき所得税法第六十五条第一項 又は第二項 の規定の適用を受けているときは、当該収入金額は、同条 の規定によりその年分の事業所得の金額の計算上総収入金額に算入される金額によるものとする。
１７ 法第十条第八項第八号 に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項 又は第六項 （第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受けようとする年（以下この項及び次項において「総額方式等適用年」という。）の年分の売上金額（同条第八項第八号 に規定する売上金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）及び当該総額方式等適用年前三年以内の各年（事業を開始した日の属する年以後の年に限る。以下この項において同じ。）の年分の売上金額（当該各年のうち事業を開始した日の属する年については、当該年分の売上金額に十二を乗じてこれを当該年において事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額）の合計額を当該総額方式等適用年及び当該各年の年数で除して計算した金額とする。
１８ 法第十条第一項 又は第六項 （第二号に係る部分に限る。）の規定の適用を受ける個人が同条第一項 又は同号に規定する事業所得を生ずべき事業を基準年（総額方式等適用年の三年前の年をいう。以下この項において同じ。）以後に相続又は包括遺贈により承継した者である場合における前項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該個人が基準年から総額方式等適用年の前年までの各年のうちのいずれかの年において当該事業を承継した者である場合には、当該各年の年分の被相続人（包括遺贈者を含む。以下この項において同じ。）の売上金額は当該各年の年分の当該個人の売上金額に該当するものと、当該各年において当該被相続人が事業を営んでいた期間は当該各年において当該個人が事業を営んでいた期間に該当するものと、それぞれみなす。
二 当該個人が総額方式等適用年において当該事業を承継した者である場合には、基準年から総額方式等適用年の前年までの各年の年分の被相続人の売上金額（当該各年のうち当該被相続人が事業を開始した日の属する年については、当該年分の被相続人の売上金額に十二を乗じてこれを当該年において被相続人が事業を営んでいた期間の月数で除して計算した金額）に当該事業を承継した日から総額方式等適用年の十二月三十一日までの期間の月数を乗じてこれを十二で除して計算した金額は当該各年の年分の当該個人の売上金額に該当するものと、当該各年において当該被相続人が事業を営んでいた期間は当該各年において当該個人が事業を営んでいた期間に該当するものと、それぞれみなす。
１９ 第四項、第十四項第二号、第十七項及び前項第二号の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを切り捨てる。
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